La CEIS a été certifiée ISO 9001-2000 par l’AFAQ en décembre 2002. Elle est la première société de ce secteur à obtenir une telle certification (Voir l’interview de la responsable qualité) .

La politique qualité définie par CEIS a pour objectif d'assurer la traçabilité des informations (notamment via note système de capitalisation de l’information), le partage des meilleures pratiques métiers (Charte des Bonnes Pratiques) et un fonctionnement en « mode projet ».